Pengelolaan ruang di Taman Nasional Kepulauan Seribu dilaksanakan melalui sistem zonasi untuk menjamin keseimbangan antara perlindungan ekosistem, pemanfaatan secara lestari, kepentingan masyarakat, dan efektivitas pengelolaan kawasan. Penyusunan zona pengelolaan tahun 2025 merupakan revisi dari zonasi tahun 2016 setelah dilakukan evaluasi pada tahun 2024, dengan mempertimbangkan perubahan kondisi ekologi, dinamika pemanfaatan ruang, kegiatan terbangun di kawasan, serta kebutuhan penyesuaian kebijakan pengelolaan yang berkembang hampir 10 tahun terakhir.
Berdasarkan Zona Pengelolaan Taman Nasional Kepulauan Seribu Tahun 2025, kawasan TN Kepulauan Seribu dibagi menjadi 5 (lima) zona, yaitu:
1. Zona Inti2. Zona Perlindungan Bahari
3. Zona Pemanfaatan
4. Zona Tradisional
5. Zona Khusus
